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『ポケ森 コンプリート』のセーブデータは端末に保存される仕組みになっているため、「非使用のアプリを取り除く」機能などによってアプリを削除されてしまった場合、セーブデータも削除されてしまうことがあります。
そのため『ポケ森 コンプリート』のアプリを長期間プレイされない場合は、iOSの「非使用のアプリを取り除く」機能をオフに設定することをご検討ください。
※設定方法などの詳細は、Appleの公式サポートページをご確認ください。